解決

上記問題の1が致命的だったので、マザーボードを見てみたらマザーへの12V電源供給ラインを取り付けていなかった。しかし、それはPCI-E給電用らしいのであまり関係は無い…。症状は、NT6系のセットアップ中に省エネ機能が有効になったら電源が落ちてしまうと言うもの。NT5系だとスタンバイになって復帰しない。
試行錯誤したが、結局はCPU1番を取り外したら何の問題もなくセットアップが終わってしまった。案の定、CPU二つにすると落ちるので、シングル動作時に電源設定をアイドル時でも100%にしてシャットダウン、その後CPUを増設したら上手くいった。
しかし、夏だと良くなさそうなので電圧を変更しないようにCrystalCPUIDの設定をショートカットにして、手動で変更できるようにした。
とりあえず、レジストリの設定を変更し、起動時は低クロックで起動しするようにしたのでバッチリ。
それと、SCSIはサードマシンにする事にして、セカンドマシンはSATAにしみたがこちらも無問題。

完全復活してよかった良かった。