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上記問題が解決しました。
環境は、Windows Server 2003にLANカードを8枚増設したマルチホームなドメインコントローラ。ADインストール後にグループポリシーがまったく操作できず「アクセスが拒否された」と表示されるもの。
下記MSのサイトの対策で問題解決しました。
http://support.microsoft.com/kb/839499